L’histoire commence lorsque Hello Kitty s’endort dans une station balnéaire. Quand elle se réveille, elle se retrouve sur une île étrange entourée d’une odeur de fleurs. Elle se rend compte que son ennemi juré, Badtz-Maru lui a joué un tour et elle a été transportée dans un autre monde. Pour rentrer chez elle, elle doit traverser onze terres différentes, chacune composée de trois étapes.